去年朝廷任命他为兵部尚书兼右副都御史，驻山海关，第二次升任辽东经略。朝廷同时擢王化贞为巡抚。王化贞虽然有胆略，但是他对后金的军事力量估计不足，主张主动出击，三个月内荡平后金。二人一主战，一主守，造成“经抚不合”的局面。然而大明历来重文轻武，且因王化贞乃新任首辅叶向高的学生，把持内阁的东林党人支持王化贞而放弃熊廷弼的策略。王化贞拥重兵守广宁，而熊廷弼则徒拥经略虚名，仅有数千军士。王化贞不听节制，计划以降敌明将李永芳作为内应，发动进攻。还没来得及实施，今年正月，努尔哈赤亲率五万人马，分三路向河西进攻。渡过辽河，攻占西平堡。王化贞调出广宁、闾阳的守兵去攻打后金军队，三万大军全军覆没。同时后金方面派入广宁的间谍孙得功挑起了兵变，打开城门迎接后金军队。王化贞狼狈逃出广宁，在右屯见到熊廷弼。王化贞建议再设法阻击后金军队，熊廷弼认为事已不可为，遂撤回山海关。广宁失守，熊廷弼竟未率军入城进行殊死战，尽守土之责，只是退至山海关，接着王化贞也退入关内。山海关以外的整个辽东完全被努尔哈赤占领，努尔哈赤下令把辽河以西的百姓，驱赶到辽河以东尽行屠戮，惨绝人寰。消息传至北京，上下大震，在孙承宗的建议下，熊廷弼和王化贞被下了刑部大狱问罪。
在熊廷弼任御史时，骆思恭便与他因武结交，颇为莫逆，也一直认为他武韬武略，样样精通，实乃当世难得的帅才。此番熊廷弼获罪下狱，骆思恭曾进言为其辩护，奈何东林人势大，再加上帝师孙承宗一力坚持，熊廷弼终被定罪。
骆思恭望着眼前蓬头垢面的老友，心情沉重起来，道：“这段时间，我四处游说，想将贤弟救出，奈何东林人铁了心要你为王化贞背黑锅，他们如今在朝中权势滔天，再加上孙承宗孙大人不知为何，也一定要置你失土之罪，至今老哥依然无法救你出狱，实在是无能之极，日日愧疚！”
熊廷弼摆手道：“吾此前便早已与兄长说过，不必再为廷弼之事而奔走劳心了，你却偏偏不听！老哥之情，廷弼感念于心不敢或忘，以后切勿再为吾之事劳心费力了！”
骆思恭摇头道：“老夫只是不明白，孙大人究竟与老弟有何过节，竟一定要置你于死地！吾不甘心，不甘心呐！”
熊廷弼怅然一叹，起身在牢房之中来回踱了几圈，才幽幽道：“孙大人此举，并非因为与我有私怨，我与他皆是为国为公，只是道不同罢了！”
骆思恭不解问道：“没想到老弟因其获罪入狱，还帮他说话，不知此话怎讲？”
熊廷弼重又坐下，沉声道：“吾所提三方布置策，即是在广宁（今辽宁北镇）厚集步骑以牵制后金主力；在天津与登、莱（今山东蓬莱、掖县）各设巡抚，置舟师，乘机入辽南；在东面联合朝鲜从后方打击后金；在山海关设经略，节制三方。王化贞不懂军事，不整饬军队，不做进攻的实际准备，而把恢复辽、沈的希望寄托于蒙古林丹汗的出兵，叛将李永芳的内应；认为努尔哈赤无意久居辽阳，防御兵力单弱，潜师出兵，势在必克，他一次次率兵出击，一次次无功而返。他派毛文龙袭取镇江，过早地暴露了三方并进策，使辽南四卫反努尔哈赤势力遭到重大损失。吾反对王化贞的这些做法，而兵部尚书张鹤鸣、首辅叶向高对王化贞却积极支持，言听计从。王化贞不受吾的节制。四方调来的援军，张鹤鸣不通过经略自行发戍。吾询问情况，张鹤鸣置而不答。王化贞拥兵十四万，而吾堂堂经略身边只有兵五千。要兵无兵，要权无权，导致吾之三方并进策成了泡影。而孙承宗大人之所以如此，恰恰是出于公心，是因为他和吾执行的战略有根本性的分歧。因为这种分歧，导致他对吾的行为痛恨之至，认为吾是故意弃地丧师，罪不容赦。孙大人的是位颇有军事眼光的能人，他看出了吾放弃关外不是在王化贞溃败之后才做的选择，而是早在三方布置战略里就已经包含了这种意图，不过说的不是那么直白罢了。吾最后撤回关内，也不是因为无力守御下的不得已，而是正中下怀，顺坡下驴。如此一来，吾在孙大人眼中，就是故意欺君欺国，故意弃城弃地，亦是死罪！”
骆思恭紧皱眉头，语气沉重道：“可依我看来，你与孙大人的战略颇有共同之处，皆是以守代攻，怎地会有这么激烈的冲突呢？”
熊廷弼笑道：“不是我笑话你，老哥，你武功卓绝，小弟望尘莫及，但在用兵之道上，老哥还是没有仔细深究其根源。
孙大人和吾推行的战略，根本就是南辕北辙。孙大人是主守派，对他而言，守就是全部都要守，不惜一切代价守住任何可以守住的地方，这是他的根本原则。放弃一城一地，都是罪大恶极的。他的战略是不仅已有的地盘必须要守住，而且还试图通过修筑堡垒的办法，层层推进，守即是攻，一直守到后金的家门口，再把后金给封死堵死！”
高杰忍不住出声道：“这般做法，不知要耗费多少人力财力，花上多少时间才能办到！”
熊廷弼对高杰