在平原争夺战中双方都付出了高昂的代价，法军伤亡10；000人，奥军伤亡17；000人。平民百姓死伤无数，被摧毁的民宅建筑以及被jy的妇女更是不计其数。拿破仑深知不仅这场战役鹿死谁手尚无定论，连他自己的事业也吉凶难料。他整r奔驰疆场，3天之内累死了5匹战马。此时，疲惫不堪、屡吃败仗的维尔姆泽退守巴萨诺，而拿破仑在维洛纳整顿队伍。在那里，为了重振法军士气，在充满敌意的意大利人面前显示他必胜的决心，自进入意大利以后，拿破仑第一次举行了阅兵式。退到北方的另一路奥军被马塞纳和沃布瓦穷追不舍，9月4r，在罗韦雷托将其25；000人马打得溃不成军。两天后拿破仑命令部队强制急行军到巴萨诺，在那里拉纳和缪拉两师于9月8r又一次大获全胜。
现在维尔姆泽向曼图亚移动，拿破仑则切断了奥军与他们最坚强的特里雅斯特要塞的联络。尽管如此，拿破仑还是未能阻止维尔姆泽大军在卡斯特雷罗击败马塞纳并于9月12r安全抵达曼图亚。维尔姆泽及其23；000名守备队在曼图亚固守城池，并诱使拿破仑南移，挫败了他和莱茵以及莫塞勒的法军会师之后通过多瑙河进军维也纳的计划。9月19r，该军遭到查理大公的猛烈袭击，然而此时法军对哈布斯堡王朝形成了威胁。
此时，疟疾和伤寒在两军军营流行。拿破仑的14；000名军人失去战斗力，仅剩9；000名士兵继续围困曼图亚、另外8；000人运动作战。
第三章 新亚历山大大帝（7）
尽管如此，攻占摩德纳之后，拿破仑想到了一着妙计。自10月10r与那不勒斯签订条约之后，那不勒斯军不能支持教皇；利用这个大好时机，拿破仑组建了内阿尔卑斯共和国等3个临时的共和国。他开始考虑逐渐巩固意大利北方被占领土的问题了。
法国人有所不知，50岁的匈牙利籍奥军司令阿尔文齐从北方带领着46；000人马前来接应维尔姆泽，与现有的18；000名奥军一起对维洛纳进行夹击。如果他们在北方发起攻击，而维尔姆泽在曼图亚又牵制了法军主力，则拿破仑将陷于孤军作战的境地。
奥军于11月4r对特兰托发起了进攻，使一小股法军向南而逃。虽然阿尔文齐的军队也遭到严重伤亡，但是马塞纳却无力阻止29；000名奥军继续进攻维琴察。所有的拿破仑的军事计划都成了惨遭屠宰的计划。在这种情况下，拿破仑制定了第四份作战计划，他将在加尔达湖周围各个击破奥军（凑巧的是阿尔文齐也做了完全同样的针对法军的作战计划）。11月11r，拿破仑率领14；000人马冒雨从维洛纳出发，到达卡列迪耶罗时才发现这里已经被阿尔文齐占领。次r，在连绵大雨中马塞纳发起进攻失利，法军骑兵主力被俘。虽然阿尔文齐师遭到严重伤亡，却成功地击退了拿破仑，剩下的问题不仅是蒂罗尔，还有特兰托和阿迪杰河之间的全部领土。拿破仑损兵折将，手下只剩13；000人，不得不退守维洛纳。“我们已经不能再遭到打击了，”他后来承认道，“卡列迪耶罗一战以及蒂罗尔失利大大地挫伤了军队的士气……（此外）大量士兵在各种战役中已经受伤两到三次。因而士气降到了最低点。”
“也许此时……我也死到临头了……”很少如此沮丧的拿破仑对督政府警告道，并让约瑟芬离开米兰到热那亚避难。但是，连r大雨过后天空放晴，拿破仑的精神又恢复原状。“我们只要再做一次努力，意大利就是我们的了。无疑阿尔文齐的人数大大超过我们，但有半数以上是应募征集的新兵……我们的部分援军已到，其余援军正在路上……你们只管打败阿尔文齐，”拿破仑鼓动他的士兵，“其余的事都由我负责！”
11月14r，拿破仑趁夜幕率12；000人马悄悄离开维洛纳，渡过阿迪杰河兵分两路：一支人马经阿尔巴雷多到阿尔波尼，另一支人马黎明时分到达阿尔科拉村。在阿尔科拉和维拉诺瓦之间是大片沼泽地，完全没有道路，只有狭窄的堤坝通往村内。22；000人守在卡列迪耶罗的阿尔文齐显然认为自己是相当安全的。
拿破仑的目标是绕开阿尔科拉而猛攻维拉诺瓦，切断阿尔文齐的进路和退路。“也许我们明天就会失去意大利！”行动前拿破仑给督政府写信道。尽管他言辞充满勇气，但是到达的援军很少。考虑到自己的力量处于极端的弱势，拿破仑知道自己只有两个选择：战败或进攻。拿破仑选择了进攻，在龙科村附近的阿迪杰河上架起了临时的木桥，奥热罗渡河北进。但是他们未能到达维拉诺瓦，河对岸阿尔科拉村奥军的猛烈炮火使他们遭到重创；如果不马上扭转这种局势，拿破仑出其不意切断奥军后路的计划就会告败。拿破仑当即抓起一面法国三s旗，奋不顾身地朝有重兵把守的阿尔科拉桥头堡冲去，奥热罗等人抓住他们不顾死活的司令官，用力将他拉回，劝他保持理智。奥军炮火十分猛烈，法军再次败下阵来。混乱之中，拿破仑失足掉下堤坝，陷入沼泽，差点灭顶