1966年7月，毛主席在一次讲话中明确提出存在四个敌人，“苏联现代修正主义，美国帝国主义，宫本显治修正主义集团和佐藤荣作反动内阁”。背后的原因是，1966年3月份访华的日共议长宫本显治在上海拒绝了毛主席亲自提出的要求日共在中苏论战中明确支持中共的要求。这样日共也就成为了和苏美比肩，甚至比敌视中国的佐藤荣作内阁更加危险的敌人。中日两国共产党之间的关系变得非常紧张，在此之后的8月份，日共从北京撤回日共驻华代表以及《赤旗报》的驻华记者，但日共驻华代表以及《赤旗报》的驻华记者在首都机场遭到红卫兵围攻，被殴打致重伤，这样两党之间的关系完全断绝。
在朝鲜问题上也是这样，在中国“特殊时期”开始之后，日共也停止了和朝鲜的交往，在朝鲜绑架日本公民的疑惑露出水面之后，和一贯支持与朝鲜改善关系的社会党有着血缘关系的社会民主党和民主党在不少场合下很被动，但是一开始就支持追查朝鲜绑架事件的日本共产党和此事却无关系。
日共不但在日本侵华战争和太平洋战争持反战立场，在战后的政治活动中还是坚持了这个立场，从过去的反对朝鲜战争，反对越南战争开始一直到21世纪反对阿富汗战争和伊拉克战争，既反对美国主谋的战争，也反对苏联或者俄罗斯联邦所策划的战争，在日本能够如此旗帜鲜明地长期一贯坚持反对战争立场的政党就只有这么一个。
日本共产党为什么能够始终如一地在重大问题上采取正确立场？长期以来历任日共书记局长、委员长和议长，继德田球一、宫本显治之后的日本共产党第三代领导人不破哲三日前出版的回忆录《时代的证言》也许能够提供一些答案。
不破哲三是日本一位很典型的经过一高进入东大的学历贵族，但这位16岁就参加了共产党的精英最后还是拒绝了主流社会的邀请而在共产党内干了下来，连续11次当选为众议院议员。日共区别于其他共产党的一个重要特征是日共领导层一直是由知识界精英所组成的，日共书记长志位和夫是东京大学毕业，早期的河上肇、宫本显治等日共领导人也都是东京帝国大学的毕业生。这种现象的由来是因为原来的东京帝国大学是一个连特高警察都插不进手去的特区，即使在战时，东京帝大里仍然可以公开地研究马克思主义，所以东京帝大的毕业生们多少有点左倾，起码对马克思主义并不陌生，出几个共产党员是理所当然的。
不破哲三的回忆录除了本人的经历之外，有很多非常珍贵的资料，他是为数不多的还在世的见过毛主席的人，而且就是那次有名的宫本显治对毛主席说“不”的会谈的见证人。
此后国际形势不断变化，尼克松和田中角荣的访华，使得美国和日本政府不再是中国的敌人，毛主席之后的中国领导人也采取了一系列措施来缓和中苏之间的紧张关系，但直到1997年，中国曾经的四大敌人中，有一个日本共产党依然戴着“敌人”的桂冠。
实际上早在1985年中共就曾经通过罗马尼亚共产党向日本共产党表示过恢复关系的建议，但日共方面不肯让步，坚持要中共认错并中止和反日共组织的联系。一直到了1997年底，对外联络部部长戴秉国在接受人民日报记者采访时明确地把“中日两党关系正常化”作为1998年的任务之一，这样才有了中日两国共产党的关系正常化。