吴应熊重用郑成功，是要在南京重建大明水师。而吴应熊不拘一格选的人才，除了郑成功，还有阎应元。因为吴应熊要把史可法派到山东去督师，南京还缺一个将才镇守。
吴应熊知道，如果要在明末的铁血舞台上推举出几个慷慨赴死的忠臣，很容易的，虽然变节的将才很多，但是为明朝尽忠而死的人也很多；如果要推举集忠臣良将于一身的人物，恐怕就不那么容易，而江阴典史阎应元可以算是一个英雄人物，吴应熊甚至觉得，阎应元比史可法更难得。
阎应元一个小小的典史，相当于一个正科级的县公安局长。在那民族危亡之秋，率义民拒24万清军于城下，孤城碧血81天，使清军铁骑连折3王18将，死75000余人。城破之日，义民无一降，如此石破天惊的壮举，在黯淡的晚明夕照图中，无疑是最富于力度和光彩的一笔。但洋洋大观的《明史》和《清史稿》对此竟不着一字，吴应熊觉得这不公平。
阎应元确实是个粗人，他没有获取科举功名，在那个时代，这就意味着在官场上很难有所作为。严格地说，他担任的那个典史算不上官，只能称为“吏”。
但吴应熊知道，阎应元拥有卓越的军事才能，弹丸之地的江阴城，悲壮惨烈地进行了81天，孤城困守，6万义民面对24万清兵，并且让满清付出了75000余人的代价，这在古今中外战争史上可以算得上一个大奇迹。守江阴时，三十六计中能用上的计谋，阎应元差不多都用上了：诈降、偷营、火攻、钉炮眼、草人借箭、装神弄鬼、小股出击、登陴楚歌……无所不用其极。最壮烈的莫过于派白发耆老出城假投降，把火药暗藏在放银子的木桶底层，等清军升帐纳降时，火发炮裂，当场炸死清军3000余人，其中有亲王一人、大将两人，清军为之三军挂孝。与此同时，江阴城头也响起了悲怆的炮声，那是在为慷慨赴死的乡贤耆老们志哀。
吴应熊觉得，应该重用阎应元这样实实在在的英雄，他派人从江阴找来了阎应元，命他做南京的兵部侍郎，负责南京的城防。
这一任命相当于将阎应元从正科突击提拔成了副部级，犹如晴天霹雳，史可法没有说话，南京原来的兵部侍郎阮大铖站起身说：“臣反对！阎应元本是守仓库小吏，一下子担当如此重任，恐怕众人不服。”
“这位大人，你是何人？本丞相要用的人，哪轮得到你反对？”吴应熊故意问道。
“在下南京兵部侍郎阮大铖。”
“哦，你就是臭名远扬的阮大铖啊！吴应熊笑道：“听说东林党的人恨不得将你唾骂死呀！是因为你读书少没文化嚒？？”
“阮某家里的书汗牛充栋！”阮大铖虽然人品不堪，但是文学才能还是有的，听吴应熊说他读书少，他不服气。
“那阮大人知道李斯嚒？他当丞相之前是干什么的？”吴应熊问道。
“这！”阮大铖一脸尴尬，李斯当秦国丞相前也是守仓库的小吏。
“还有，阮大人你是怎么当上兵部侍郎的？你带兵打过仗呢麽？要不这样吧，你和阎应元打一架，谁打赢了兵部侍郎就归谁。”吴应熊说。
“啊！”阮大铖彻底无语了，阎应元是武人，他也是一介文人书生，哪里打得过阎？他只好灰溜溜坐下了。
见吴应熊铁了心提拔阎应元，其他人也不再自讨没趣，吴应熊那天突击提拔了一大批像阎应元那样的忠义之人，他们自己都很诧异，磕头谢恩。
削藩，开征工商税，不拘一格选拔人才，那天武英殿的闭门会议开得很成功，吴应熊这三把火，加上迅速灭掉刘泽清的十万大军，让江南文武百官见识了他的魄力和决断，史可法都不得不佩服吴应熊少年老成。临别时，史可法对吴应熊说：“江南有丞相主政，老夫就可以安心去山东督师了。不过，江南人心叵测者居多，还请丞相提防。”
“史大人放心去山东吧，等这天下太平了，本丞相陪你去秦淮河畔走走。”吴应熊说。
那天会议结束，郑成功走出武英殿，顿觉风清云淡，他没想到自己能一步登天，但想起吴应熊说的，“乱世为官，其实是肩头的担当更重了”，觉得很有道理，他也觉得自己上沉重。
那天在武英殿的会议很长，作别老师钱谦益，他有点内急，急忙去找解手的地方。因为郑成功第一次去南京紫禁城，情急中走错了路，跑到了一个后花园里。
在后花园中，有一石头假山，假山下有一方亭，亭中有一妙龄少女，唇红齿白，举手投足之间温柔似水，她手拿一把桃花扇，眉头紧锁，却显得更加美丽动人。
那女子正是李香君，她心里正想着情人侯方域，心中相思苦，于是放下扇子，抱起琵琶，清唱一曲：“紫嫣红遍江南，付与断井颓垣，良辰美景，奈何问天，赏心乐事，谁人共听……”
青年郑成功听了这几句词，不觉多看了一眼李香君，点头自叹，心下自思这是谁家的姑娘，在这宫中独自凭栏伤神。
郑成功自己也不曾想到，只因为第一次见面，他这多看的一眼，他从此便于李香君结下不解之缘。而历史上李香君与侯方域的爱情故事，从此改变。
因为吴应熊知道，历史上的侯方域也不是什么好东西，他虽然是明末“四公子”之一、复社领袖，明户部尚书侯恂之子，祖父及父辈都是东林党人，均因反对宦官专权而被黜。明朝灭亡后，侯方